Nel cimitero sulla via Appia invece, le fonti antiche documentano la presenza di tre martiri: Sebastiano, Quirino ed Eutichio. I nomi dei tre martiri sono citati in un catalogo del VII secolo, chiamato "Notula oleorum" che però neanche esso cita le sue fonti, mentre gli itinerari per pellegrini dell'alto Medioevo non citano Eutichio, perché la sua sepoltura era difficile da raggiungere.

Di Sebastiano, la "Depositio martyrum" ricorda la morte e la sepoltura il 20 gennaio in catacumbas. 

- Di lui sant'Ambrogio (fine IV secolo) dice che subì il martirio a Roma durante la persecuzione di Diocleziano, ma è una testimonianza lontana secoli; 

- la passio del V secolo (ancora più tarda) dice che era un soldato originario della Gallia, morto a Roma sotto Diocleziano. 

- Le sue reliquie rimasero nella catacomba fino al IX secolo, poi trasferite dentro le mura della città, ed oggi sono nuovamente conservate sulla via Appia, nella cappella di San Sebastiano nella basilica soprastante il cimitero.

Quirino era un vescovo della Pannonia, i cui resti furono traslati a Roma da pellegrini di quella regione tra IV e V secolo. Di Eutichio non si conosce nulla, se non  il carme damasiano oggi esposto all'entrata della basilica.

GLI SCAVI

Attraverso gli scavi di fine Ottocento e durante il Novecento si è potuti ricostruire la storia topografica ed architettonica della zona in cui si trovano le catacombe, che consta di tre livelli di gallerie.

In origine come già detto era una cava di pozzolana; abbandonata alla fine del II secolo e utilizzata dai romani come luogo di sepoltura pagana, con semplici sepolture di schiavi e liberti, ma anche sepolture monumentali, in particolare nella cosiddetta piazzola, un tempo cava a cielo aperto, nelle cui pareti furono scavati tre mausolei in laterizio:

- uno di "Marcus Clodius Hermes", come da iscrizione, composto di due camere sovrapposte: sopra la facciata, le tracce di un muretto costituivano il "solarium", dove i parenti del defunto si riunivano nell'anniversario della sua morte del congiunto per consumarvi il pasto funebre in suo onore detto "refrigerium". 

- Uno detto "degli Innocentiores", di proprietà di un collegio funeratico, 

- uno detto "dell'ascia", per la figura incisa nel timpano del frontone; composto da una rampa d'ingresso e di una camera sotterranea con volta a botte ornata di bellissimi stucchi. Alcuni simboli cristiani come il "pesce", indicano una precoce presenza cristiana, anche se spesso le tombe pagane vennero svuotate per accogliere spoglie cristiane. 

Oltre alla piazzola, si iniziarono a scavare le gallerie cimiteriali. Verso la metà del III secolo, l'intera piazzola era stata interrata creando un terrapieno a un livello superiore, da cui sono stati riportati alla luce tre monumenti: 

- la "triclia", una sala coperta porticata utilizzata per banchetti funebri nelle cui pareti vi sono più di 600 graffiti con invocazioni agli apostoli Pietro e Paolo; 

- un'edicola rivestita di marmo, probabilmente il luogo delle reliquie dei due apostoli, 

- un ambiente coperto con pozzo per attingere acqua. 

- la "villa piccola", di cui restano un cortile con pavimento a mosaico bianco e nero ed un portico a pilastri.

Alla metà del III secolo il sepolcreto risulta interrato e l'area occupata da una "triclia", un cortile di trapezoidale (23 x 18 metri) con pavimento in mattoni ed un grande porticato a pilastri dove 600 graffiti conservati sull'intonaco testimoniano quasi 70 anni di "refrigeria". 

La traslazione delle reliquie degli apostoli in San Sebastiano a metà del III secolo e la loro ricollocazione nei luoghi originari agli inizi del IV secolo è dibattuta sia tra gli studiosi che tra gli archeologi. Infine all'inizio del IV secolo anche questi ambienti furono interrati, per costruire il terrapieno su cui fu edificata la basilica costantiniana.

Le iscrizioni votive, in latino, greco, siriaco ed aramaico, sono in onore degli apostoli Pietro e Paolo, che la tradizione ritiene collocati qui nel 258, durante la persecuzione di Valeriano, dove rimasero per 50 anni prima di tornare nei propri sepolcri. Il cimitero si trasformò in luogo di culto cristiano dal momento in cui le spoglie dei due apostoli vi furono sepolte, anche se i risultati archeologici non confermano la traslazione dei corpi, forse anche perché nella zona non fu mai ritrovata una vera sepoltura.

Privata delle reliquie, la "Memoria Apostolorum" decadde e all'inizio del IV secolo, tutte le costruzioni vennero demolite e interrate ed al loro posto venne edificata la grande "Basilica Apostolorum", che oggi sorge sul lato destro dell'Appia. Numerosi mausolei, a pianta centrale o a struttura basilicale, vennero in seguito costruiti attorno alla chiesa, il più importante dei quali, databile alla fine del IV secolo, di forma irregolare, è quello detto "Platonia", che la tradizione vuole sia la cripta dove i due apostoli trovarono sepoltura. 

Soltanto alla metà del V secolo il complesso viene intitolato a S. Sebastiano, ufficiale dell'esercito imperiale, secondo la "Passio S. Sebastiani", condannato a morte sotto Diocleziano per la sua fede cristiana, legato ad una colonna e trafitto da numerose frecce, ma venne raccolto e curato dalla vedova Irene. 

Dopo la guarigione, Sebastiano tornò dall'imperatore (anche se i generali stentavano per ottenere un'udienza dall'imperatore) per proclamare ancora il suo credo. Diocleziano ordinò di ucciderlo a bastonate e di gettare il corpo nella Cloaca Maxima. Tuttavia, prima di arrivare al fiume, il corpo si impigliò nei pressi della chiesa di S.Giorgio in Velabro dove fu ritrovato dalla matrona Lucina che provvide a dargli degna sepoltura nella Catacomba. 

Nell'826, dopo quasi sei secoli, il corpo del santo evidentemente non solo conservato intatto alle frecce, alle bastonate, alla disgregazione dell'acqua, ma soprattutto dopo sei secoli, venne conservato nella cripta, poi rimosso e trasferito a S.Pietro per volere di Eugenio II. Pochi anni dopo, la catacomba venne affidata ai Cistercensi di S.Bernardo, e nel 1218 Onorio III riportò i resti (erano d'acciaio!) del martire nella cripta, conservati ancora oggi presso la Cappella di S.Sebastiano, a sinistra dell'altare maggiore.

Tra l'altro nessuno ci ha mai raccontato se le reliquie del santo siano pezzi del suo corpo (come spesso usava) o un corpo intero, se solo scheletro o con la carne, o se solo scheletro ma ricostituito con la cera o altri vari elementi.

Per una scala si scende nelle gallerie dove sono vari cubicoli, con pitture in quattro scene della fine del IV secolo nel cubicolo di Giona. Si giunge alla cripta di san Sebastiano, con un altare a mensa sul luogo dell'antico basamento ed il busto di san Sebastiano attribuito al Bernini. 

Dalla piazzola si sale a un ambiente coperto da una tettoia dove si celebravano banchetti funebri, con centinaia di graffiti di devoti, incisi dalla seconda metà del III agli inizi del IV secolo, con invocazioni agli apostoli Pietro e Paolo. Si passa poi per un vano che gira intorno all'abside con una raccolta di epigrafi e un plastico completo dei mausolei.

- De Santis L., Biamonte G. - Le catacombe di Roma - Newton & Compton Editori - Roma - 1997 -
- Ferrua A. - La basilica e la catacomba di S. Sebastiano - Città del Vaticano - 1990 -
- Guarducci M. - Pietro e Paolo sulla via Appia e la tomba di Pietro in Vaticano - Città del Vaticano - 1983 -
- Mancini G. - Scavi sotto la basilica di S. Sebastiano sull'Appia - in Notizie degli Scavi di Antichità - Roma - 1923 -