Sotto Settimio Severo (146 - 211), nel 207, la strada che da Anagni conduceva alla villa venne lastricata, come apprendiamo da un'iscrizione oggi conservata nella cattedrale di Anagni. Dopo l'abbandono le rovine della villa furono a più riprese occupate da piccoli insediamenti produttivi (VI e IX secolo).

Un documento del 23 ottobre del 976 descrive l'occupazione del sito ad opera del monastero di San Pietro, da parte di tre nobili di Anagni, quando ebbe la grande tenuta di Villamagna. Il monastero poi decadde e venne soppresso nel 1297 da papa Bonifacio VIII e i resti vennero usati come fortilizio per una piccola guarnigione.

Peraltro nei documenti il sito è citato come castrum (1301 e 1333), di cui è successivamente attestata la rovina (castrum dirutum) in un documento del 1478 e l'incendio (Villa magna combusta est) nel 1498..I resti furono visitati nel Settecento dall'archeologo scozzese Gavin Hamilton, che riportò la presenza di alcune statue.

LA CISTERNA DELLA VILLA

GLI SCAVI

A partire dal 2006 e fino al 2010 il sito è stato oggetto di scavo archeologico, sia per il periodo romano che per quello medievale:
- da parte del Museo di archeologia e antropologia (sezione mediterranea) dell'Università della Pennsylvania,
- della British School at Rome,
- della International Association for Classical Studies e della Soprintendenza per i beni archeologici del Lazio, con il finanziamento di base della Fondazione 1984, del Comune di Anagni e del BancAnagni Credito Cooperativo.  

Lo scavo è stato diretto da Elizabeth Fentress, Andrew Wallace Hadrill e Sandra Gatti. Gli scavi hanno permesso di rimettere in luce una cantina per il vino che era anche riccamente ornata di marmi, il quartiere degli schiavi e una serie di insediamenti e cimiteri del periodo altomediovale.

Lo scavo ha identificato l'edificio dove si svolgeva il banchetto, con un grande doliario che giaceva nel pavimento della pressatura, dove i lavoratori pestavano l'uva. Il doliario era pavimentato con marmo prezioso, così come la sala del banchetto di fronte ad esso, dove evidentemente l'imperatore e i suoi ospiti avrebbero guardato il lavoro. 

Nello stesso edificio si trovavano le terme dove l'imperatore e il suo seguito facevano il bagno. L'intera giornata era interpretata come quella di un'importante festa che segnava l'inizio della vendemmia per il Lazio, le celebrazioni imperiali della festa dei Vinalia, feste della vigna e del vino celebrate in onore di Giove e Venere. 

Dopo la morte di Antonino Pio e Marco Aurelio la proprietà rimase in mani imperiali. Un'iscrizione, ora conservata presso la Cattedrale di Anagni, attesta la pavimentazione da parte di Settimio Severo di una strada che conduce da Anagni alla villa nel 207. Resta da determinare quanto tardi la proprietà rimase in mani imperiali dopo questo momento all'inizio del III secolo.

A nord-est c'era un grande peristilio pertinente alla villa, sul cui lato meridionale si installò la chiesa del monastero di San Pietro a Villa Magna, di cui sono ancora in piedi le pareti.

Negli scavi sono emersi anche i resti delle successive rioccupazioni delle strutture romane con numerose sepolture (VI secolo, IX secolo e monastero). La chiesa, ricostruita nel VI secolo con l'aggiunta di un nartece (atrio della chiesa sporgente dall'edificio) sopra un precedente edificio di tardo IV-V secolo, oltre a un campanile e un chiostro, con ampia cisterna sotterranea.

Si trattava del monastero benedettino, S. Pietro di Villamagna. Il periodo più ricco della sua storia va dal X al XIII sec., quando il monastero si ingrandisce e diviene fulcro locale del processo di incastellamento della zona. Attorno all'edificio sorge un castrum. Verso la fine del Duecento, dopo un lungo periodo di splendore, subì una forte ed improvvisa decadenza in seguito alla quale fu soppresso e annesso da Bonifacio VIII alla cattedrale di Anagni.

A nord della cantina è stato scavato un edificio del III secolo in uso fino alla fine del V secolo, costituito da due ali separate da un corridoio scoperto, ciascuna con una serie di piccoli ambienti, pavimentati in terra battuta e in alcuni casi con piccoli doli interrati. Si tratta probabilmente delle stanze degli schiavi che lavoravano nella villa, tra cui, in base ai materiali rinvenuti, si ipotizza anche un'ampia presenza femminile.

L'edificio era fiancheggiato sul lato sud da un porticato lungo una strada basolata, privo di accessi dagli ambienti interni. Ad est della strada moderna si trovano altri ambienti, forse pertinenti ad un piccolo complesso termale e relative cisterne.

Il sito della villa oggi mostra poco del suo antico splendore, anche se gli scavi stanno portando alla luce le grandi quantità di marmi, mosaici e affreschi che un tempo la decoravano. I resti visibili in superficie, che coprono almeno una dozzina di ettari, consistono in:

- tre serie di cisterne alimentate da un acquedotto che probabilmente conduce da una sorgente alla base della collina boscosa, 

- una serie di sottostrutture (sottostanti un casale del XIX secolo) che erano le sostruzioni per una parte dell'antica villa, 

- varie tracce di altre sostruzioni sul lungo crinale che scende dal casale verso la strada.