Ciononostante come edile si scagliò contro la corruzione emersa in occasione delle elezioni durante le quali Pompeo cercò di favorire l'alleato Lucio Afranio. Le idee politiche di Enobarbo furono estremamente simili a quelle di Catone: fu un attivo sostenitore dell'aristocrazia e si oppose strenuamente alle decisioni in favore della plebe di Cesare e Pompeo, tanto che Cesare, nel 59 a.c., lo accusò di aver ordito un complotto contro la vita di Pompeo.

Enobarbo si candidò come console nel 55 a.c., ma non riuscì a giungere alla carica, anche per la campagna elettorale ostile di Pompeo, Crasso e Cesare, che Enobarbo aveva minacciato piuttosto incautamente di privare della provincia della Gallia Cisalpina. 

Si ricandidò al consolato l'anno successivo e, non trovando l'opposizione dei triumviri, che avevano ormai il potere in pugno, divenne console con Appio Claudio Pulcro, un seguace di Pompeo, ma non potè opporsi neppure una volta alle decisioni di Cesare e Pompeo. L'anno successivo scoppiò uno scandalo per quelle elezioni e quindi forse non era così puro come voleva sembrare. 

Dopo il consolato Enobarbo rifiutò il governo di una provincia, non si è capito perchè, e quando i rapporti fra Cesare e Pompeo si fecero tesi, egli si schierò con l'ultimo, che aveva una parvenza repubblicana.

Enobarbo, nel 52 a.c., si occupò dell'omicidio di Publio Clodio Pulcro, ucciso da Tito Annio Milone, come dice Asconio in un suo commento dell'orazione Pro Milone di Cicerone. Le fonti per la sua vita nei tre anni successivi provengono dalle lettere del nemico Marco Celio Rufo che scrisse a Cicerone mentre quest'ultimo era governatore in Cilicia. 

Nel 50 a.c. si candidò per ottenere un posto nel collegio degli auguri, ma a causa delle pressioni di Cesare la carica andò a Marco Antonio. Non gli andò però così male perchè quell'anno divenne comunque pretore.

Il senato lo designò come successore di Cesare nella provincia della Gallia Comata. Quando poi Cesare si diresse verso Roma con le proprie legioni, Enobarbo fu uno dei pochi ad opporsi dimostrando un certo coraggio, o una certa ostinazione. 

Si recò a Corfinium con 20 coorti, sperando nell'aiuto da Pompeo, che non arrivò mai e qui fu assediato. Le sue truppe lo costrinsero infine ad arrendersi a Cesare e quest'ultimo lo lasciò inaspettatamente libero come segno di clemenza. Ma non imparò la lezione e poco più tardi si recò a Cosa, in Etruria, da dove si imbarcò per recarsi a Marsiglia e difendere la città dall'assedio di Cesare. 

Quando Marsiglia cadde, Enobarbo riuscì a salvarsi sull'unica imbarcazione che era scampata all'assedio, era un uomo fortunato ma forse sfidò troppo la sua fortuna. Ma anche qui non aveva imparato la lezione perchè si recò in Tessaglia, dove c'era Pompeo con il suo esercito, e propose che, alla fine della guerra, tutti i senatori rimasti neutrali ai fatti dovessero rendere conto del proprio comportamento, compreso Cicerone, insomma odiava tutti i cittadini che non avessero combattuto, da una parte o dall'altra. 

Enobarbo, posto a capo dell'ala sinistra dell'esercito pompeiano venne ucciso mentre fuggiva dopo la battaglia di Farsalo, nel 48 a.c. e  Cicerone, nella sua II Filippica, dice che fu lo stesso Marco Antonio ad ucciderlo (una delle ragioni per cui poi Marco Antonio fece uccidere Cicerone).