La via Traiana usciva da Benevento ad est, attraverso l'Arco di Traiano, si trasformava in un ponticello e saliva verso il vicus di Forum Novum (tra Paduli e Sant'Arcangelo Trimonte), fino a Buonalbergo, con tracce dei ponti Latrone, San Marco e ponte delle Chianche. Quindi saliva quindi verso "Santa Maria dei Bossi", in agro di Casalbore, seguendo poi il tratturo Pescasseroli-Candela. 

Superato il torrente della Ginestra attraverso il ponte di Santo Spirito (o ponte del Diavolo), raggiungeva il pianoro della Malvizza, nella valle del Miscano dove traversava il fiume tramite un ponte di cui restano tracce, e risaliva sull'altipiano di Sant'Eleuterio ove sorge Aequum Tuticum, situato all'incrocio con la via Herculea e con la più antica via Aemilia.

La via Traiana continuava poi a salire fino al casale Tre Fontane, in territorio di Greci, da dove il percorso della strada veniva a coincidere con quello di Camporeale-Foggia, per raggiungere quindi il valico appenninico di San Vito.

Al valico di San Vito, sovrastato da un'altura isolata, il Castiglione, la via Traiana toccava la massima altitudine (947 m s.l.m.), dirigendosi poi dalla dorsale dei monti della Daunia, che veniva superata mediante uno stretto passaggio artificiale, il cosiddetto Buccolo. Da qui la via scendeva con notevole dislivello verso Aecae, attuale Troia, per poi abbandonare il tracciato rettilineo del tratturello Camporeale-Foggia dirigendosi invece verso Herdonia, al centro del Tavoliere delle Puglie.

Da Herdonia la strada proseguiva verso Canusium (Canosa), Coratum (Corato), Rubi (Ruvo), Butuntum (Bitonto) seguendo poi due diversi tracciati:

- la "via Appia-Traiana" lungo la costa che toccava Barium (Bari), Neapolis (presso Polignano a Mare) ed Egnatia (a nord-est di Fasano).

- la "via Minucia Traiana", più antica e interna, che passava per: 

- Midunium (Modugno), che sorge al confine tra l'Ager Butuntinus e l'Ager Varinus, a metà strada tra Bitonto e Bari. Nel III sec. a.c., Roma suddivise il suo territorio con la centuriazione. Vi si trovano tracce di cippi gromatici per i confini tra le proprietà: 9 menhir, iil più noto dei quali viene detto "Il Monaco". Nel periodo romano, il territorio di Modugno era attraversato dalla via Minucia e, in età imperiale e tardoantica, dalla stessa via Traiana.

- Caelia (Ceglie del Campo), in età romana divenne civitas sociorum, come attestano le monete in argento e in bronzo di III sec. a.c. e delle strutture abitative che testimoniano l'espansione della città su buona parte del pianoro.

- Noa (Noicattaro), il ritrovamento di reperti archeologici e tombe messapiche fa supporre che il nucleo abitativo di Noha esistesse sin dalla colonizzazione Messapica, III o II secolo a.c., abitato successivamente da greci e romani.

- Azetium (Rutigliano) a sud della città c'era un viadotto, il "Ponte Romano", che scavalcava il torrente. Lo sconvolgimento dell'assetto idrogeologico del territorio, in gran parte per le trasformazioni agrarie dell'ultimo secolo ne determinò il crollo durante una piena alluvionale, nel 1984.

- Norba (Conversano), nel 268 a.c. la città posta sulla via Minucia, divenne romana, ma prosperò fino alla caduta dell'impero,

per riunirsi infine alla costiera nei pressi di Egnazia, proseguendo poi per terminare a Brindisi.

Della via Traiana se ne ritrovano, casualmente, alcuni tratti lastricati nelle campagne pugliesi (ad esempio a Monopoli); a Bari, Trani, Giovinazzo e Ascoli Satriano sono conservate le colonne miliari che ne segnavano l'attraversamento (quelle di Bari, Trani e Giovinazzo già prelevate). In seguito fu costruito un prolungamento: la via Traiana Calabra, che giungeva sino a Otranto.

La via Traiana, nel tratto compreso fra il casale Tre Fontane di Greci e la cittadina di Troia, attraverso i valichi di San Vito e del Buccolo, è tuttora aperta al transito.

- Centro Studi Romei, La via Francigena del Sud: L'Appia Traiana nel Medioevo, a cura di Renato Stopani, Le Lettere, 1992
- Giuliano Volpe - La Daunia nell'età della romanizzazione: paesaggio agrario, produzione, scambi - Edipuglia - 1990-
- Due nuove lastre iscritte dei ponti sulla Via Traiana - su Accademia - 2019 -
- Un segmento della via Traiana poco conosciuto: il percorso Aequum Tuticum-Troia - 35º convegno nazionale sulla preistoria, protostoria e storia della Daunia - San Severo - 2015 -
- Via Traiana - Comune di Orsara di Puglia -